В 1963 году в Кемеровском государственном педагогическом институте был открыт химико-биологический факультет (его первым деканом была Позднякова Вера Ивановна). Единственная кафедра естествознания (зав. кафедрой А. А. Губин) объединила и химиков, и биологов. В 1964 году была создана кафедра химии (зав. кафедрой Е. Е. Стрельникова), а в 1967 году на базе кафедры естествознания – кафедры ботаники (зав. кафедрой А. А. Поздняков) и анатомии и физиологии человека и животных (зав. кафедрой профессор Э. М. Казин).
В 1973 году при реорганизации пединститута в университет произошло разделение химико-биологического факультета на химический и биологический факультеты.
В 1975 году была открыта кафедра зоологии (зав. кафедрой профессор Т. Н. Гагина), в 2003 году – кафедра генетики (зав. кафедрой, профессор В. Г. Дружинин), в 2009 году к факультету присоединена кафедра современного естествознания (зав. кафедрой профессор Б. П. Невзоров), в 2011 году открыта кафедра геологии и географии (зав. кафедрой профессор Ю. В. Лесин).
В начале XXI века факультет переживает «второе рождение» — открываются новые направления подготовки: с 2005 года – специальность «География», с 2008 года – направление «Экология и природопользование», с 2011 года – направление «Геология», с 2020 года – направления «Ландшафтная архитектура» и специальность «Ветеринария».
В течение пятидесяти лет на факультете деканами были В.И.Позднякова (1963-1968), А.А. Чашников (1968-1971), М.М. Рачковская (1971-1974; 1978-1984), А.Т. Мальцева (1975-1978), Э.М. Казин (1974-1975, 1984-1988), Г.В. Ефремова (1988-2016), О. А. Неверова (2016).
В 2016 году для решения новых научно-образовательных задач, стоящих перед Кемеровским государственным университетом, биологический факультет КемГУ был реорганизован в Институт биологии, экологии и природных ресурсов. В настоящий момент Институт возглавляет д.б.н., профессор Неверова Ольга Александровна.
В 2016 году организована кафедра экологии и природопользования (зав. кафедрой профессор О. А. Неверова). В 2020 году создается объединенная кафедра физиологии и генетики (зав. кафедрой профессор Дружинин В.Г.). В 2021 году в связи с развитием медицинских направлений кафедра физиологии и генетики преобразуется в кафедру генетики и фундаментальной медицины (зав. кафедрой профессор Минина В.И) и открывается кафедра ветеринарии (зав. кафедрой доцент Яковлева С.Н.).
Летом 2018 года начал работу Ветеринарный центр, оснащенный современной биохимической лабораторией, рентген и УЗИ-аппаратом с цифровым оборудованием, стерильной операционной, ветеринарной аптекой и др., на базе которого обучаются студенты-ветеринары.
В 2019 году запущена Академия резерва геологических кадров – инновационный образовательный проект, предполагающий многоуровневую систему подготовки специалистов в интересах эффективной разведки и хозяйственного освоения недр в Российской Федерации.